植物科普馆于2001年8月13日开馆，场馆面积为320平方米。植物科普馆由展版、灯箱、实物展柜及VCD多媒体四个部份组成，共有展版48块，灯箱8个，实物展柜56个、云南省地形沙盘1个、多媒体设备两套。展版的内容共分为“植物的起源与进化”、“植物的家谱”、“植物与环境”、“植物与人类”、“丰富多彩的植物世界”五个部分，较为系统地介绍了植物知识。展厅的设计布局美观大方，展版内容图文并茂，实物丰富多样。整个展厅的文字解说约2.5万字，彩色图片大小共计271幅，实物展品300余件，全部由昆明植物研究所、植物园的职工提供图片实物及撰写文字内容。灯箱部分重点突出了云南八大名花等观赏花木资源及植物景观。

 植物科普馆常年对外开放，特设一名专职人员负责日常的管理及讲解，并注重实物展品的充实、更新和提高。馆内专设两个展柜特别展示由昆明植物研究所、植物园专家学者所出版的学术论著和书籍。植物科普馆不仅是昆明植物研究所接待外宾、国内同行参观了解植物所研究成果的一个主要场所，更是大中专院校学生参观实习并系统学习植物学相关知识的大课堂。自开馆以来，共接待各类参观人群达60万人次。