百草园因“神农尝百草”而得名，始建于1979年，是一个收集、保育和展示我国西南地区特色药用植物资源的专类园。园区占地45亩,已收集三七Panax notoginseng、滇重楼Paris pophylla var . yunnanensis、川穹Ligusticum chuanxiong等重要药用植物171科592属1000余种。该园按中国传统园林布局设计，通过曲径通幽的游览步道、休息曲廊、景观水池将园区自然分割成“神农本草” “滇南本草”  "传统药用植物”、 “芳香药用植物”、“牡丹芍药” 等10余个风格独特的药用植物定植区。园区环境幽雅,科学内涵丰富，文化底蕴浓厚，是科研观察、教学实习、药用植物学知识传播和休闲的理想场所。

1、传统药用植物区

传统药用植物是指常用中药材的原植物，是在中国中医学理论经典著作、历代本草和方剂学中记载的、使用频率高和用量大的药用植物。常用传统药用植物有350余种，本区已收集定植了附子Aconitum carmichaeli、白术Atractylodes macrocephala、川芎Ligusticum chuanxiong等传统药用植物200余种。

2、滇南本草植物区

《滇南本草》是我国第一部地方本草专著，早于李时珍的《本草纲目》140多年，是一部记述西南高原地区药物(包括民族药)的珍贵著作,全书共3卷流传于世,载药458种，其中植物药423种。《滇南本草》 不仅记载了云南草木蔬菜中可作药者，以及许多少数民族医药与汉族医药相互结合的实例;还记述了若干药材疗效的经验及民间秘方,具有鲜明的地方特色,是研究云南本土医药的重要参考文献。目前,本区已收集了灯盏细辛Erigeron breviscapus、金铁锁Psammosilene tunicoides、滇紫草Antiotrema dunnianum等<滇南本草》植物200余种。

3、规范化人工种植展示区

规范化民业实践( Good Agricultural Practices,简称GAP），其目的是通过人工种植方式解决天然药物产业化开发对资源的需求，使有限的资源得到合理有效的保护和永续利用，以减少对野生资源的破坏。中药规范化人工种植是实现药材质量一致性的根本保证。该区集中展示了昆明植物园进行过规范化种植研究的重要野生药用植物，如露水草Cyanotis arachnoidea、除虫菊Pyrethrum cinenarifolium、灯盏细辛Erigeron breviscapus、雪胆属Hemsleya植物等。

4、民族药用植物区

云南有25个少数民族，各民族在长期的生产生活中，发掘利用的具有其民族和地域特色的传统药用植物资源，成为我国传统植物药的重要组成部分。本区集中展示藏族、彝族、白族、纳西族、傣族、苗族等民族传统利用的药用植物,目前已收集小红参Rubia yunnanensis（彝族、白族、纳西族及傈僳族等）、 法落海（阿坝当归）)Angelica apaensis（藏族药）、羊角天麻Dobinea delavayi （白族药）等民族药用植物200余种。

5、神农本草经植物区

《神农本草经》（简称《本经》）是我国现存最早的药学专著，是研究中药和方剂的重要经典文献之一。《本经》收载药物365种，其中植物药252种，分为上经、中经和下经。上经药物“主养命以应天、无毒、多服、久服不伤人， 轻身益气”，中经药物“”主养性以应人，无毒有毒，斟酌其宜”，下经药物“主治病以应地，多毒，不可久服”。该区依据《本经》中“上、中、下”三经分成三个植物定植小区，重点定植展示《本经》记载的重要药用植物，共收集150余种。

6、芳香药用植物区

“芳香药用植物”是指同时具有药用和香料功能的植物类群。我国芳香类植物资源丰富，已发现记载种类达干余种，云南约有900余种，其中具有药用价值的种类达300多种，常见的有62种。本区集中展示我国丰富的芳香药用植物，目前已收集了藿香Agastache rugosus、薄荷Mentha haplocalyx、罗勒Ocimun basilicum var. Pilosum、野八角Illicium simonsii等芳香药用植物百余种。

7、牡丹与芍药展示区

牡丹和芍药是原产中国的造统名花，文字记载的栽培应用历史近二千年，也是重要的药用植物，始载入《神农本草经》，见于历代各种本草古籍中。牡丹（Paeonia suffruticose）为落叶灌木，被誉为“花中之王”和“国色天香”，我国壮丹品种计800多个。牡丹以根皮入药，名为丹皮 具有清热凉血、活血化瘀的功效。本区占地面积450m，栽种有2003年从山东菏泽引进的栽培牡丹287株，野生黄牡丹83株（丛）和野生大花黄牡丹2株。芍药（Paeonia lactiflora）为多年生宿根草本，被誉为“花仙”和“花相”，世界上芍药品种1000多个，我国约500个。芍药以根入药，名为赤芍或白芍，具有镇痛、通经等功效。本区占地西积160m²，栽种有8个品种的270株芍药。

8、荫生药用植物区

统计表明中国有药用植物11118种，云南约有6000余种，其中相当多的种类是生长于荫生和半荫生环境中。本区重点收集展示产于云南省、特别是分布于云南高原地区的荫生药用植物。目前收集定植了滇黄精Polygonatum kingianum、滇重楼Paris polyphylla var. yunnanensis、云南蕊木Kopsia officinalis等荫生药用植物350余种。

9、人参属植物区

五加科（Araliaceac）人参属（Panax）植物是我国传统利用的名贵药材。人参属植物约8种，我国记载有7种5变种，除人参分布在东北外，其余种类主要分布于我国西南部。人参、三七和西洋参是栽培利用最多的人参属药用植物。人参（Panax ginseng）具有大补元气、补脾益肺、生津安神等功效。三七（Panax notoginseng）主产云南和广西，具有散瘀止血和消肿定痛功效，用于治疗各种内、外出血，跌扑肿痛等。西洋参（Panax quinquefolius）原产北美，我国引种栽培 ，具有补肺阴、清火、养胃生津等功效。本区收集种植有三七、珠子参、西洋参及屏边三七等。